研究报告

贝母属植物叶绿体基因组候选SNP位点应用分析  

兰青阔1 , 赵新1 , 陈锐1 , 王成1 , 陈笑芸2 , 汪小福2 , 王永1 , 兰璞1*
1 天津市农业质量标准与检测技术研究所, 天津, 300381; 2 浙江省农业科学院农产品质量标准研究所, 杭州, 310021
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18 卷, 第 31 篇   
收稿日期: 2019年02月15日    接受日期: 2019年02月22日    发表日期: 2020年02月17日
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摘要

贝母属植物是中国中药材的宝库,由于形态上难以区分,在民间应用、临床应用和中药市场中还存在混淆应用、以次充好的现象,急需开发基于新型分子标记位点的精准检测方法。本研究应用多重序列比对、SNP 筛选等生物信息学分析手段,对贝母属 15 种植物 28 条叶绿体基因组序列进行分析。结果发现,贝母属叶绿体基因组 DNA 同源性达 97.22%,通过分析共发现 SNP 位点 5 879 个,其中川贝母类鉴别候选位点 71个,川贝母鉴别候选位点 4 个,瓦布贝母鉴别候选位点 37 个,太白贝母鉴别候选位点 147 个,浙贝母鉴别候选位点 91 个,湖北贝母鉴别候选位点 271 个,平贝母鉴别候选位点 1 393 个,伊贝母鉴别候选位点 89 个。本研究还对 SNP 位点在精准鉴定、精确定量应用方面进行了讨论,可为川贝母中药资源鉴定提供技术支撑。

关键词
贝母属;叶绿体基因组; SNP 位点;生物信息学分析;检测方法

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《分子植物育种》印刷版
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